軟件分析：
分子模擬廣泛應用于計算化學，計算生物學，材料科學領域，當前高性能集群已經廣泛應用于研究分子性質，開發新材料等一系列研究。原理上而言，分子模擬主要分為兩個方面，即基于第一性原理的量子化學模擬，以及基于經典力學的分子力學模擬等。當然，隨著現在研究體系的不斷復雜化，以及人們對于計算結果精確度以及準確度的不斷提升，一些交叉學科，如第一性原理的分子動力學等綜合了量化模擬和分子模擬長處的新的研究方法也開始逐漸出現。
分子模擬（材料物理/計算化學），它主要以分子模擬為工具實現各種核心化學問題的計算，架起了理論化學和實驗化學之間的橋梁。其主要目標是利用有效的數學近似以及電腦程序計算分子的性質（如總能量，偶極矩，四極矩，振動頻率，反應活性等）并用以解釋一些具體的化學問題。
主要應用軟件為：
Gaussian，VASP，ADF，Molpro，CP2K，Wien2k，Materials Studio，BigDFT,GAMESS-US,LATTE,QUIK,TeraChem等
一，聯眾集群高性能計算化學分子解決方案
1.采用雙路E5-2600V3系列（主頻高于2.5GHZ）4U高密度8節點超算平臺，其適用于分子動力學應用，實現大規模并行；也可以作為超算中心或計算節點
2.GPU計算平臺，建議采用NVIDIA TESLA K80系列高性能計算卡，其適用于支持GPU的分子動力學應用，以及用戶其自主開發的程序下的應用；
3.采用四路超級計算機，主要為應用Gaussian的計算任務
4.存儲系統采用，36盤位大容量存儲，因為I/O壓力比較大，因此存儲讀寫性能要求快；
5.集群計算網絡采用Infiniband FDR(56GB),管理網絡采用萬兆網絡
6.管理及其應用軟件，根據用戶需求安裝系統及搭建使用環境,軟件環境包括基于Linux核心開發的操作及管理系統,提供MPI并行環境的搭建，GCC系列編譯器,C,C++,fortran,java 等，并優化科學計算庫BLAS/ATLAS/Lapack/ScalaPack/FFTW等以及源代碼開放的計算與模擬軟件等，高級工程師優化PBS作業管理與作業調度系統，依據用戶的要求編寫相關腳本。
7.聯眾集群所有節點采用80PLUS高效（96%）電源，提高電源轉換效率，降低用戶運維成本。結合集群管理監控軟件，自動將空閑資源設置為待機或者關機狀態，整體節能降低20%。
聯眾集群結合用戶實際應用需求，幫助用戶解決其應用難題，節約科研經費，這是我們一貫的工作態度。
